La Fundación fue creada el Septiembre de 2002, con el ánimo de promover la investigación, la ciencia i la docencia en los campos de la biomedicina y la asistencia en todos y cada uno de los centro de la Orden Hospitalaria de San Juan de Dios.
La Fundación San Juan de Dios desea convertirse en un verdadero taller de proyectos donde la investigación y la innovación adquieran la máxima prioridad. Potenciando la investigación se potencian, a la vez, todos los campos de la medicina, de la biología, de la salud mental, de la docencia y de la innovación biomédica en todos los centros de la Orden Hospitalaria San Juan de Dios.