La Fundació fou creada al setembre de l'any 2002, amb la finalitat de promoure la investigació, la ciència i la docència en els àmbits biomèdic i assistencial, en tots i cadascun dels centres de l'Orde Hospitalari de Sant Joan de Déu.
La Fundació Sant Joan de Déu vol convertir-se en un autèntic taller de projectes on la investigació i la innovació assoleixen la màxima prioritat. Potenciant la recerca, es potencien alhora totes les àrees de la medicina i de la biologia, de la salut mental, de la docència i de la innovació biomèdica, en cadascun dels centres de l'Orde de Sant Joan de Déu.